A mediados de 1993 fueron asesinados un profesor y nueve estudiantes de la universidad de La Cantuta. Una investigación parlamentaria incriminó al comandante del Ejército y a un asesor militar de Fujimori, quien se mostró reticente a someterlos a la justicia civil.  

El gobierno vendió dos compañías mineras a una empresa estatal China, país que se convirtió en el cuarto mayor inversionista extranjero. También se vendieron las empresas Aeroperú y Petróleos del Mar. Fujimori promovió la integración del país a la Cuenca del Pacífico. Viajó con frecuencia a Japón, que contribuyó con préstamos a Perú, donde la comunidad japonesa es importante. La economía creció 6,5% gracias a la pesca, la construcción, las manufacturas y el dinamismo de la economía informal. La reticencia peruana a la desgravación arancelaria dificultó la creación de un mercado común andino con Colombia, Venezuela y Bolivia prevista para 1995.

Fujimori llevó adelante con éxito una ofensiva militar contra Sendero Luminoso y puso en marcha una campana propagandística para persuadir a sus simpatizantes de renunciar a esa causa. Las organizaciones de derechos humanos acusaron al gobierno de asesinatos, secuestros y torturas de ciudadanos inocentes.

La seguridad en la región andina permitió el reinicio de la actividad minera, con la participación de investigadores e inversores extranjeros. El PBI creció un 12% durante 1994.

A comienzos de 1995 Perú y Ecuador mantuvieron enfrentamientos militares en su frontera común de la Cordillera del Cóndor. Las hostilidades provocaron doscientos muertos y pérdidas millonarias para ambos países. Las negociaciones de paz se realizaron bajo los auspicios del Protocolo de Río, con Argentina, Brasil, Chile y Estados Unidos como garantes.

Fujimori obtuvo una arrolladora victoria en las elecciones presidenciales de abril. Su principal rival, el ex secretario general de las Naciones Unidas ,Javier Pérez de Cuéllar, no alcanzó los votos necesarios para una segunda vuelta. La esposa del Fujimori, Susana Higuchi, no pudo candidatearse y su partido, Armonía Siglo XXI, tampoco obtuvo lugares en el Congreso debido a irregularidades en sus listas. En julio el presidente y su esposa se divorciaron.

Afirmado por su triunfo electoral, Fujimori anuló la autonomía de las universidades de San Marcos y La Cantuta , a la vez que amnistió a militares y policías convictos por violar los derechos humanos en la lucha contra la guerrilla desde 1980. Se estimaba que entre 1992 y fines de 1995 los llamados "jueces sin rostro" habían ejecutado a más de 2.000 personas.

El ingreso de un comando del MRTA a la residencia del embajador de Japón, en diciembre de 1996, en momentos en que se reunía en una fiesta el cuerpo diplomático, volvió a conmover el ambiente político peruano y sus relaciones con el exterior. Los guerrilleros exigieron la liberación de 450 detenidos y una mejora de las condicionies de reclusión para todos los presos del país.

En febrero de 1997, 50 días después de la toma de la embajada, el gobierno aceptó entablar negociaciones directas con el comando dirigido por Néstor Cerpa. Domingo Palermo, ministro de Educación, se reunió varias veces con delegados del comando que mantenía 72 rehenes en la casa del embajador japonés. En los encuentros estaban también presentes el nuncio apostólico Juan Luis Cipriani, junto a representantes de la Cruz Roja Internacional, de Canadá y Japón.

El 22 de abril y en una operación coordinada, un grupo comando de las fuerzas armadas peruanas entró en la embajada a través de túneles excavados por mineros profesionales. En la operación murieron los 14 integrantes del MRTA, un rehén y dos soldados. Algunos periodistas que usaban micrófonos direccionales registraron la voz de por lo menos dos mujeres rindiéndose, lo que dio pie a la acusación de que varios de los guerrilleros habían sido ejecutados en la propia embajada. Durante los 126 días que duró la toma, la popularidad del gobierno fue cayendo hasta niveles récord, pero el resultado de la operación catapultó nuevamente la aceptación a través de las encuestas a más del 65%.

En mayo de 1997 se produjo la destitución de los miembros del Tribunal Constitucional que en diciembre habían votado declarando que la Constitución prohibía una nueva reelección de Alberto Fujimori