Los últimos meses de 1990 se caracterizaron por la agitación laboral y social. Ejemplo de ello fue la "marcha contra el hambre", convocada por las centrales sindicales. A pesar del acercamiento entre las cuatro centrales sindicales, que construyeron en marzo de 1991 la Coordinadora Nacional, las organizaciones sociales no lograron establecer una oposición clara frente al gobierno.

A su vez, Fujimori debió enfrentar la oposición de los partidos políticos y del Parlamento, que intentaron paralizarlo. El presidente, entonces, comenzó a gobernar por decreto: en 1991 promulgó 126 decretos legislativos.

La política económica aceleró el empobrecimiento de la población peruana. De un total de 22 millones de habitantes, 12 millones vivían en situación de extrema pobreza. El déficit de viviendas en Lima alcanzó a un millón en 1991. El 70% de las escuelas peruanas carecían de servicios higiénicos adecuados.

En este contexto, un brote epidémico de cólera causó 2.540 muertos y afectó a unas 270.000 personas en 1991. Sobre el telón de fondo de la crisis floreció el cultivo de coca, que se convirtió en importante rubro productivo del país, con una superficie cultivada de 200.000 hectáreas y un ingreso de divisas por la exportación de cocaína semiprocesada de unos 2 mil millones de dólares anuales.

El descrédito de los grupos políticos y la agudización de la crisis provocaron la intensificación de la violencia y la lucha armada. Según informes de organismos internacionales, se elevó a 3.000 el número de desaparecidos, 200 desde la llegada de Fujimori al gobierno. El presidente mismo reconoció la existencia de grupos paramilitares y la impunidad de las fuerzas armadas en la represión de las guerrillas.

El 5 de abril de 1992, con el apoyo de las fuerzas armadas y policiales, Fujimori anunció la disolución temporal del Parlamento y la reorganización de la justicia, alegando que la reconstrucción del país era obstaculizada por la inoperancia y la corrupción de ambos poderes. Pocos días después, promulgó una ley que le asignaba plenos poderes para legislar y modificar la Constitución, moralizar la administración pública y de justicia, en función de la lucha contra el narcotráfico, la corrupción y la subversión. Las encuestas de opinión pública registraron más de 70% de adhesión a las medidas de Fujimori. Sin embargo todas las organizaciones sociales y políticas peruanas condenaron el golpe de Estado.

Estados Unidos anunció la suspensión de la ayuda económica y militar a Perú, pero pronto reinició negociaciones con el gobierno. A fines de abril, el FMI anunció en Washington la aprobación del programa de reformas económicas y estructurales del gobierno peruano.

El mayor éxito político del gobierno provino de la lucha contra los movimientos insurgentes. Hasta el ascenso de Fujimori, Sendero Luminoso -que llegó a contar con unos 5.000 miembros.

El 12 de setiembre de 1992 el gobierno exhibió en la cárcel a Abimael Guzmán, fundador y líder de Sendero. Poco después caían los principales dirigentes de la cúpula senderista. Guzmán fue condenado a prisión perpetua. El golpe fue decisivo pues fracturó la capacidad militar de Sendero, al punto que Guzmán y otros dirigentes presos iniciaron conversaciones de paz con el gobierno y llamaron a sus seguidores a deponer las armas.

La detención de Guzmán y otros integrantes de la cúpula senderista presionó a la organización a entablar conversaciones de paz. En setiembre de 1992 el gobierno exhibió en la cárcel a Abimael Guzmán, fundador y Líder de Sendero.

La necesidad de reinsertarse en el sistema financiero internacional y la confianza del presidente en su popularidad condujeron a la celebración de elecciones en noviembre. En el Congreso Democrático Constituyente el partido de Fujimori, Cambio 90-Nueva Mayoría obtuvo la mayoría absoluta. Los partidos tradicionales no participaron.

La oposición rechazó el proyecto de reforma constitucional del gobierno, pues restringía las libertades políticas e individuales y establecía la pena de muerte para los terroristas. En el referéndum de octubre el 53% de los votantes apoyó la reforma, contra 47% que la rechazó.