la Coordinadora intentó restar legitimidad a las elecciones, que fueron supervisadas por observadores internacionales. En noviembre, Reagan obtuvo la reelección y en abril de 1985 declaró el bloqueo comercial a Nicaragua y el embargo de todos sus bienes.
En el curso de 1986 la Asamblea discutió una nueva Constitución, que entró en vigencia en enero de 1987. Se estableció un sistema presidencialista, con mandato por seis ańos, elecciones presidenciales directas y representación legislativa proporcional. En 1987, los gobernantes centroamericanos abrieron un ámbito propio de negociación, con participación de la ONU y la OEA, en una reunión de presidentes realizada en Esquipulas, Guatemala. Los acuerdos de Esquipulas establecieron el cese del apoyo externo a los grupos armados opositores, el diálogo interno en cada uno de los países, con mediación de la Iglesia Católica y la amnistía para quienes depusieran las armas, con garantías de participación en la vida política. En Nicaragua se formó una Comisión Nacional de Reconciliación y el dirigente "contra" Fernando Chamorro retornó al país, se acogió a la amnistía y renunció a la lucha armada. La censura de prensa fue suspendida y reapareció el diario opositor "La Prensa", de Violeta Chamorro. El 7 de octubre se inició el cese del fuego unilateral en varias zonas del país, aunque los dirigentes de la "contra" anunciaron que continuarían las hostilidades.
Durante 1988, el aumento de la presión estadounidense, agravado por los efectos del huracán "Juana", hicieron fracasar los planes de ajuste económico. La reforma monetaria y la reducción del presupuesto del Estado en un 10%, efectuadas en febrero, no pudieron impedir la hiperinflación. En julio de 1988 fue expulsado el embajador norteamericano en Managua, acusado de incentivar actividades antisandinistas; el gobierno de Estados Unidos respondió expulsando al representante nicaragüense en Washington. Los acuerdos de Esquipulas II parecieron naufragar durante el período de alternancia entre Reagan y George Bush, pero en febrero de 1989 el presidente Ortega reanudó las negociaciones en ocasión de la reunión de los cinco presidentes centroamericanos en la localidad salvadoreńa de Costa del Sol. Los sandinistas propusieron adelantar las elecciones a febrero de 1990 y aceptar las modificaciones propuestas a la ley electoral de 1988, a cambio de que la "contra" desmantelara sus bases hondureńas durante los tres meses posteriores al acuerdo. Estados Unidos, sin embargo, siguió presionando para mantener a la "contra" en Honduras y el gobierno de Bush obtuvo que el Congreso aprobara otra "ayuda humanitaria" por 40 millones de dólares.
El FSLN presentó a Daniel Ortega como candidato a la reelección, mientras que la oposición, agrupada en una coalición de 14 partidos llamada Unión Nacional Opositora (UNO), propuso a Violeta Barrios de Chamorro, viuda de Pedro Joaquín Chamorro.
Todos los sondeos de intención de voto otorgaban la victoria a los sandinistas por un amplio margen. El 25 de febrero de 1990, sin embargo, la historia de Nicaragua tomó un giro inesperado: la UNO ganó las elecciones con 55% de los votos frente a 41% de los sandinistas. Violeta Chamorro era la nueva presidenta. Ortega admitió la derrota y se comprometió a entregar el poder. Antes de asumir el cargo, el 25 de abril, la presidenta y el FSLN firmaron el "Protocolo de Transición", que comprendía el respeto a la Constitución en vigor, a las instituciones y conquistas sociales de la revolución, así como el desarme de la "contra". Chamorro anunció que atendería personalmente la cartera de Defensa y que mantendría al general sandinista Humberto Ortega como comandante del ejército. También suspendió definitivamente el reclutamiento para el servicio militar obligatorio. El vicepresidente de la fórmula UNO, Virgilio Godoy, acusó a Violeta Chamorro de haber traicionado acuerdos preelectorales al mantener a Humberto Ortega en su cargo y se retiró del gobierno seguido por una fracción de la coalición. En mayo de 1990 estalló una huelga de los trabajadores estatales por un aumento salarial de 200%. El gobierno la declaró ilegal, dejó sin efecto la ley de servicio civil -garantía de estabilidad del empleo estatal- y la ley de reforma agraria promulgada por el sandinismo.
Los trabajadores radicalizaron la huelga, que se extendió a todo el país. Una semana después, el gobierno aceptó parcialmente las peticiones de los trabajadores y la huelga terminó. Desde mediados de 1990, el gobierno recibió varias ofertas por parte de consorcios internacionales, interesados en ejecutar proyectos en la zona norte del país. Se trata de unas 270 mil hectáreas de bosques húmedos, que ocupan más de la mitad del territorio nacional. Las ofertas incluyeron desde la creación de depósitos para desechos tóxicos, hasta la explotación de los vastos recursos pesqueros, mineros y forestales de la región. Al denunciarse las negociaciones secretas entre las autoridades y una empresa taiwanesa para otorgar derechos de explotación forestal en la zona, se divulgó la existencia de importantes yacimientos de oro, plata, cobre, tungsteno y el depósito centroamericano más grande de carbonato de calcio, materia prima para la elaboración de cemento. La presidenta Chamorro acordó con el FSLN en 1991 el reconocimiento de la reforma agraria y la garantía mínima de 25% de las acciones para los trabajadores de las empresas que se privatizaran.