La abstención electoral llegó a 27%, siete puntos por encima del nivel tradicional. Ninguno de los candidatos presidenciales consiguió llegar a 50% de los votos, por lo que la elección pasó a una segunda vuelta entre los dos más votados. En la segunda instancia, realizada el 5 de julio, Sixto Durán Ballén, del PUR, obtuvo 56% de los votos, venciendo a Jaime Nebot, del PSC, que llegó a 43%. La centro-izquierda y la izquierda contribuyeron al triunfo de Sixto Durán, considerado entonces un "mal menor" frente al autoritarismo de Nebot.  

  El nuevo gobierno definió un programa fundado en la llamada "modernización del Estado", un proyecto de privatización de las empresas estatales, y un rígido ajuste estructural. Este implicaba la eliminación de subsidios, alzas y flotación de los precios de los servicios básicos, incluso de la gasolina y otros derivados de los hidrocarburos, y contención de los ajustes salariales por debajo del índice de inflación acumulada.

Al cabo de un año de gestión, el vicepresidente Dahik, considerado el verdadero poder detrás del trono, exhibió las políticas de ajuste como el principal éxito del gobierno: reducción de la inflación de 60% en 1992 a 32% en 1993, incremento de la reserva monetaria, reducción del déficit fiscal, en especial del sector público no financiero, -del 1,7% del PIB en 1992 a 0,2% al año siguiente- y del gasto público que llegó apenas a 26% del PIB en 1993.

La oposición parlamentaria, la Confederación de Nacionalidades Indígenas de Ecuador (CONAIE) y el Frente Unitario de los Trabajadores (FUT) cuestionaron esta política, senalando el incremento de la pobreza y del desempleo y la ausencia total de políticas sociales. De hecho, el salario medio urbano continuó su espectacular descenso: en 1993 constituía 21,4% del valor promedio en 1980.

El conflicto central se dio en torno a las privatizaciones de la seguridad social, electricidad, telecomunicaciones y petróleo. La oposición se fortaleció con la creación del frente por la Defensa de la Soberanía Nacional, organismo que integró a los sindicatos de las áreas estratégicas, la CONAIE y otras organizaciones sociales.

La aprobación del cuerpo legal necesario para autorizar las privatizaciones sufrió diversas modificaciones. En este sentido, la actitud del Partido Social Cristiano, principal fuerza parlamentaria, fue decisiva. Partidario de la política privatizadora por su posición ideológica, debió, sin embargo, atenuar los proyectos del gobierno para lograr su aprobación sin pagar un alto costo político, en consideración de sus perspectivas electorales para 1996.

En este camino, hubo varios tropiezos por parte del gobierno. En particular, los escándalos provocados por los fracasos en el Ingenio Azucarero Aztra y en Ecuatoriana de Aviación, empresas que fueron quebradas antes de iniciarse la privatización.

La economía ecuatoriana vivía una prolongada recesión. En 1993, el crecimiento fue menor a 2% y el PIB por habitante disminuyó en 0,5%, los índices más bajos de los últimos años. Las exportaciones totales, que en 1992 habían registrado un incremento de 7%, bajaron en 1993 a 0,7% mientras que el volumen físico de las importaciones disminuyó en más de 4%, provocando un crecimiento ínfimo de la oferta total de bienes y servicios.

Entretanto, la economía atravesaba una prolongada recesión. Cayeron el PBI y las exportaciones, especialmente las de bananas, debido a las restricciones de la Comunidad Europea. La construcción y la exportación de petróleo fueron las excepciones. El gobierno otorgó nuevas concesiones para la prospección petrolera y planeó la construcción de otro oleoducto. La medida fue muy criticada por la oposición, que se dice preocupada por el agotamiento del recurso.

En abril de 1994 un incendio en Isabela, en las islas Galápagos, destruyó 6.000 hectáreas y puso en peligro la vida y el hábitat de las tortugas gigantes, hecho que motivó un decreto para el control del tráfico turístico, la inmigración y la pesca ilegal.

Al promediar el año el gobierno cerró un complicado proceso de renegociación de la deuda externa, en el que la disminución real no sobrepasó el 45%. Los intereses no fueron considerados en este cálculo.

En junio el presidente Duran Ballén eliminó las reformas agrarias de los años 1964 y 1973. Estas reformas habían terminado con las grandes haciendas y habían entregado por primera vez tierras a los indígenas y pequeños campesinos. Como respuesta la CONAIE bloqueó las vías de acceso a varios pueblos y ciudades. Acto seguido, el gobierno declaró el estado de emergencia y envió al ejército a controlar la situación. En Ecuador el 48% de las tierras rurales está en manos de las comunidades campesinas, mayoritariamente indígenas y el 41% pertenece a particulares.