El 27 de octubre de 1991, por medio de un pacto del presidente con las tres mayores fuerzas de la Constituyente, se redujo el número de representantes, y tras la disolución del Congreso, se efectuaron elecciones parlamentarias. La abstención siguió siendo alta. El Partido Liberal, disgregado en varios grupos, obtuvo 60% de los votos, seguido por los conservadores. Fue notable el descenso en el desempeño de la ADM-19, que logró apenas10% de los sufragios.  

El 30 de octubre, se reunieron nuevamente en Caracas gobierno y guerrilla. Dos meses después, un sector radical del EPL volvió a tomar las armas. Luego le siguieron las restantes fuerzas guerrilleras.

El proceso de paz llegó a su perfil más bajo a partir de 1992. Luego de la interrupción de las conversaciones, el gobierno promovió la llamada Guerra Integral, que postulaba además de la acción militar, la intervención en organizaciones civiles que estuvieran vinculadas de alguna manera a los grupos insurgentes.

La Coordinadora Simón Bolívar resistió la ofensiva de las fuerzas armadas y mantuvo sus acciones militares. Como contrapartida, se reinició la actividad de los grupos paramilitares. Su acción se concentró en el Magdalena Medio, Boyacá y la ciudad de Medellín. La violencia produjo un singular fenómeno: el desplazamiento desde las zonas de conflicto a otras regiones del interior del país.

En las elecciones municipales de marzo de 1992, en medio de un abstencionismo de 70% del electorado, los partidos Liberal y Conservador mantuvieron sus mayorías, incluso con candidatos críticos del gobierno del presidente Gaviria, mientras que la ADM-19 continuó debilitándose.

36 En noviembre, el gobierno decretó el estado de emergencia. Pablo Escobar Gaviria -jefe del cártel de Medellín, poderosa organización de narcotraficantes- prófugo desde mediados de 1992, reinició las acciones armadas del cártel. En enero de 1993, se produjo la aparición del grupo los PEPES (Perseguidos por Pablo Escobar), que mató a treinta integrantes del cártel en sólo dos meses, destruyó varias propiedades de Escobar y persiguió a los miembros de su familia. El enfrentamiento llegó a niveles muy altos, con explosiones de varios coches-bomba, que causaron decenas de muertes.

Finalmente, el 2 de diciembre, fuerzas policiales mataron a Escobar en un tiroteo en el centro de Medellín. Si bien su desaparición fue un duro golpe para la influencia política y social que había alcanzado el cártel de Medellín, el narcotráfico tenía aún múltiples tentáculos, incluso más discretos -como el cártel de Cali- que de algún modo salieron fortalecidos.

La Suprema Corte de Justicia despenalizó el consumo de cocaína, marihuana y otras drogas, medida a la que se opusieron radicalmente vastos sectores políticos y religiosos encabezados por el presidente Gaviria.

La crisis del mercado del café y la sequía de 1993, así como la reducción de los cupos del banana por la Comunidad Europea afectaron las exportaciones. No obstante, con 2 mil millones de dólares anuales provenientes del narcotráfico y el descubrimiento de petróleo en la provincia de Casanare, el país logró un crecimiento sostenido del 2,8% por habitante. La construcción creció un 8% en 1993, el comercio y el transporte un 5%. El desempleo se redujo a menos de 9% en las siete principales ciudades del país y los salarios mantuvieron una tendencia positiva. De todas formas el 45% de la población continuó viviendo en niveles de pobreza crítica.

El presidente Gaviria mantuvo su popularidad, sobre todo a nivel internacional. Fue designado secretario general de la OEA, con el apoyo decisivo de Estados Unidos y favoreció el triunfo del candidato de su partido Daniel Samper en las elecciones de 1994.

En la segunda vuelta electoral y con 50% de los votos, Samper venció al conservador Andrés Pastrana (que fue respaldado por 48,6% del electorado) . En la primera vuelta, la ADM-19 cayó al 4% de los votos en los comicios, mientras que el abstencionismo se redujo levemente al 65%.

Samper inició su gobierno con una sucesión de victorias contra el narcotráfico, pero en setiembre de 1995 estalló un escándalo político cuando un vocero del cártel de Cali reveló detalles de las contribuciones de esa organización a las campanas electorales de Samper y Pastrana, hecho que no pudo ser probado. El ministro de Defensa Fernando Botero, ex director de la campana de Samper, fue enviado a prisión por enriquecimiento ilícito.

En agosto de 1996 Samper declaró el estado de emergencia para controlar la ola de violencia y secuestros, hecho que fue interpretado como un intento de protegerse de los escándalos vinculados a la droga. Pero prosiguió el asesinato de líderes opositores y las acciones de las FARC y el ELN, que atacaron líneas de alta tensión, oleoductos e instalaciones policiales y militares. Con casi 100 frentes abiertos, estos dos grupos controlan regiones cada vez más extendidas y poderosas económicamente en la zona cafetalera, el Caribe e incluso las cercanías de Bogotá o Medellín, donde se hacen cargo de todas las funciones de gobierno.

Los esfuerzos por erradicar las plantaciones de coca y amapola continuaron, así como las operaciones armadas contra las bases operativas de los cárteles. Algunos de los principales líderes del cártel de Cali, que maneja el 70% del tráfico mundial de cocaína, se entregaron voluntariamente. Si bien el cártel se debilitó, cobraron fuerza otros grupos que derivaron sus actividades hacia los países vecinos. Estados Unidos retiró en marzo de 1996 a Colombia de su lista de países que cooperan en la lucha contra la droga, hecho que lo priva de la ayuda bilateral y bloquea su acceso a fuentes financieras externas. En julio Washington anunció que negaría la visa a Samper, en un intento por acorralar diplomáticamente al presidente colombiano.