El 6 de noviembre de 1985, 35 guerrilleros del M-19 ocuparon el Palacio de Justicia, en Bogotá. La intervención del Ejército provocó una verdadera masacre. Murieron todos los efectivos del M-19 y otras 53 personas, entre magistrados y civiles. El comandante guerrillero Alonso afirmó que los muertos "fueron sacrificados deliberadamente por el ejército".

Situándose en el centro de este panorama de violencia, la droga y sus traficantes se instalaron como un auténtico núcleo de poder.

Mientras más de dos mil militantes de izquierda eran víctimas del terrorismo, en 1987 fue asesinado Jaime Pardo Leal, integrante de la Unión Patriótica. El senador y candidato presidencial liberal a las elecciones de 1990, Luis Carlos Galán, fue asesinado en agosto de 1989. Había prometido desmantelar los grupos paramilitares y combatir la droga. Se desencadenó, entonces, una guerra a todo nivel entre el gobierno y la mafia de la droga. En marzo de 1990 fue asesinado Bernardo Jaramillo, candidato presidencial de la Unión Patriótica y, 20 días más tarde, cayó muerto Carlos Pizarro, sustituto de Jaramillo.

Datos oficiales confirmaron la existencia de más de 140 grupos paramilitares en el país, la mayoría financiados por el narcotráfico. Mientras tanto, la DEA (Drug Enforcement Administration) de Estados Unidos fue acusada de bombardear plantaciones de coca con herbicidas químicos.

En la "economía subterránea", el comercio de coca plantada y exportada por circuitos clandestinos o semitolerados producía enormes ganancias.

En las elecciones presidenciales del 27 de mayo de 1990, el liberal César Gaviria fue elegido presidente, con 48% de los votos, en unos comicios con 58% de abstenciones. El Movimiento de Salvación Nacional obtuvo 23,7% de los sufragios; la Alianza Democrática M-19 (ADM-19), nombre con el que el M-19 pasó a actuar en el nuevo marco político del país, un 12,56%; el Partido Social Conservador un 11,90%.

En diciembre de 1990 se celebraron elecciones para integrar la Asamblea Constituyente. La abstención fue de 65%. La ADM-19 obtuvo 19 bancas, apenas 4 menos que el oficialista Partido Liberal.

 A partir de junio de 1991, miembros del gobierno de Gaviria y representantes de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), el Ejército de Liberación Nacional (ELN) y el Ejército Popular de Liberación (EPL), integrantes de la Coordinadora Guerrillera Simón Bolívar, que operaba en 35% del territorio, mantuvieron varios encuentros en Caracas. Considerada "larga y difícil" por ambas partes, la negociación debatió la desmovilización guerrillera, con garantías constitucionales, la subordinación de las Fuerzas Armadas al poder civil, el desmantelamiento de los grupos paramilitares y la reinserción de los guerrilleros en sus áreas de influencia política. El 5 de julio de 1991 entró en vigencia la nueva Constitución colombiana. La Carta, amén de crear el cargo de vicepresidente y prohibir la reelección presidencial, consagró algunas conquistas importantes: el divorcio civil para el matrimonio católico, la elección directa de autoridades locales, un régimen de autonomía para los pueblos indígenas, la figura del referéndum y la iniciativa legislativa popular.

Pese a la ínfima representación femenina en la Constituyente, se reconocieron la igualdad de oportunidades para el hombre y la mujer, el apoyo especial del Estado a aquéllas que eran cabeza de familia, así como subsidios a las embarazadas y parturientas desempleadas o desamparadas.

La Carta aprobada recibió críticas de la izquierda por no contemplar el sometimiento a la justicia civil de los militares acusados de cometer crímenes contra civiles y por otorgar facultades de policía judicial a los organismos de seguridad del Estado.