En las elecciones nacionales de 1989, el MIR de Jaime Paz Zamora, surgió como una nueva fuerza con 19% de los votos (el doble que en las anteriores) y alcanzó el tercer puesto. El candidato del MNR, Gonzalo Sánchez de Lozada, obtuvo 23% y la ADN de Bánzer 22,6%. No obstante, el llamado Acuerdo Patriótico entre el MIR y la ADN permitió la nominación parlamentaria de Paz Zamora como presidente. Ambas fuerzas continuaron la política neoliberal del gobierno precedente.
Se inició un programa de privatizaciones de empresas públicas, con excepción de las estratégicas. Aún así, la Corte Suprema de Justicia anuló por inconstitucional una ley que autorizó la privatización de 22 de las 64 empresas estatales. En cambio, el gobierno promovió asociaciones de capital entre la Corporación Minera (COMIBOL) y empresas privadas (joint ventures). La Federación de Trabajadores Mineros (FSTMB) respondió con huelgas de hambre y la amenaza de ocupar las minas, en defensa de la propiedad estatal.
En abril de 1991 el Parlamento autorizó el ingreso de militares de Estados Unidos para adiestrar personal boliviano en la lucha antidrogas. A pesar de las acciones militares y la política de sustitución de plantaciones de coca, denominada "coca por desarrollo", la superficie de éstas aumentó. En 1992 se calculaba que unas 200 mil personas intervenían en el circuito de producción coca-cocaína y que los ingresos del país por este concepto llegaban a los 950 millones de dólares anuales.
La pérdida de poder de movilización del movimiento obrero se vio compensada por el surgimiento de nuevas organizaciones de pueblos y comunidades originarias. Se realizaron diversos congresos de la Confederación Indígena del Oriente, Chaco y la Amazonia Boliviana (CIDOB) y de la Asamblea del Pueblo Guaraní, entre otras. Sus principales reivindicaciones son la asignación de tierras, la preservación del hábitat y el uso de los idiomas nativos en la enseñanza. La población del Oriente Boliviano comprende aproximadamente 250.000 personas de 33 grupos étnico - lingüísticos.
En setiembre de 1990, se efectuó una marcha indígena a lo largo de 750 km. desde el Oriente hasta La Paz, con la consigna de Tierra y Dignidad. El gobierno aprobó un "Plan Nacional para la Defensa y el Desarrollo Indígena", en cuyo marco, en agosto de 1991, se reconocieron 8.000 has. como propiedad colectiva de la Comunidad Mosetana de Santa Ana de Horachi. Esta y otras resoluciones son resistidas por los consorcios que explotan la riqueza forestal de la región.
En enero de 1992 los presidentes Paz Zamora y Alberto Fujimori suscribieron un acuerdo por el cual Perú cedió a Bolivia una zona franca de 327 hectáreas en el puerto de Ilo, con lo que Bolivia obtiene una "salida al mar", o sea un puerto libre para su comercio internacional.
El MNR ganó las elecciones nacionales de junio de 1993, al obtener 36% de los votos con la fórmula Gonzalo Sánchez de Losada a la presidencia y el sociólogo y dirigente aymará del Movimiento Tupac Katari, Víctor Hugo Cárdenas, a la vicepresidencia. Mientras la ADN y el MIR sufrieron fuertes pérdidas, los nuevos movimientos populistas y nacionalistas, como CONDEPA y UCS, de los empresarios Carlos Palenque y Max Fernández, conservaron su apoyo en los sectores mestizos y los barrios marginales.
El primer año de gobierno se estableció por ley el derecho a la educación en las lenguas nativas (Aymara, Quechua, Guaraní). La ley de Capitalización resolvió la privatización del 50% de las principales industrias públicas (telecomunicaciones, electricidad, petróleo, gas, ferrocarriles, líneas aéreas) sobre la base de transferir a los ciudadanos bolivianos la mitad de las acciones como fondos de pensión. El objetivo era atraer la inversión externa, reducir el desempleo e incrementar el PBI.
Numerosos movimientos locales reaccionaron contra la introducción de desechos tóxicos provenientes de Europa y el deterioro ambiental provocado por la explotación minera, mientras otros reclamaban contra el cierre de esas mismas minas y la consiguiente pérdida de fuentes de trabajo. La quema de plantaciones de coca promovida por Estados Unidos motivó continuos enfrentamientos de los campesinos con las fuerzas militares. En tanto el Banco Mundial reportó que el 97% de la población rural vivía en la pobreza.